蒙医科始建于1984年，2013年兴安盟临床医学蒙医内科学重点学科，2017年被评为兴安盟医疗卫生蒙医内科学领先学科，科室现有床位50张，医护人员共计20名，其中主任医师2名，副主任医师1名、主治医师4名。

开展业务：蒙西医结合治疗内科系统常见病、多发病、部分疑难杂症及危重病人的抢救治疗、开展蒙医五种疗术。形成集门诊、病房、医疗护理为一体的综合性传统医学科室。门诊和病房系统诊治：高血压、高脂血症、冠心病、心绞痛、风心病、心肌病，脑血管疾病（脑出血、脑血栓、格林巴利综合征、脑炎等）、癫痫、血管神经性头痛、严重神经衰弱，急、慢性支气管炎、肺炎、支气管哮喘、支气管扩张，肺气肿、肺心病、急慢性心功能不全，急、慢性肝胆疾病、肝硬化、腹水，慢性胃炎、顽固性呃逆、胃溃疡、急慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、糖尿病、甲减、甲亢，风湿免疫性疾病系统性红斑狼疮、皮肌炎、系统性血管炎、各种关节炎（包括类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、牛皮癣性关节炎、反应性关节炎、骨性关节炎等）、成人斯蒂尔病, 痛风，结节性红斑、硬皮病、白塞病、过敏性紫癜等。蒙医传统疗术放血和针灸疗法治疗颈椎病、腰椎病、骨关节病、面神经麻痹、偏头痛、中风偏瘫、高血压病、萨病、肺心病等疾病疗效显著。

科室业务骨干曾在内蒙古医科大学附属医院内科进修、北京中日友好医院风湿免疫科、首都医科大学北京友谊医院神经内科、北大第一医院心血管内科、吉大附属医院消化内科、北大第一医院内分泌科、国际蒙医医院深造学习。蒙医科在30多年的临床工作中，撰写医学论文共90余篇，论著3部，承担盟级及省级科研、课题10余项、蒙药“呃止灵”治疗顽固性呃逆科研获盟级奖项。多次被评为医院先进科室。